права доступа выставили верно?

root@evgeny:/home/lora# dpkg -l | grep apache
ii  apache2                                      2.2.22-1ubuntu1.3                                Apache HTTP Server metapackage
ii  apache2-mpm-prefork                          2.2.22-1ubuntu1.3                                Apache HTTP Server - traditional non-threaded model
ii  apache2-utils                                2.2.22-1ubuntu1.3                                utility programs for webservers
ii  apache2.2-bin                                2.2.22-1ubuntu1.3                                Apache HTTP Server common binary files
ii  apache2.2-common                             2.2.22-1ubuntu1.3                                Apache HTTP Server common files
ii  libapache2-mod-php5                          5.3.10-1ubuntu3.6                                server-side, HTML-embedded scripting language (Apache 2 module)

root@evgeny:/home/lora# dpkg -l | grep mysql
ii  libdbd-mysql-perl                            4.020-1build2                                    Perl5 database interface to the MySQL database
ii  libmysqlclient18                             5.5.31-0ubuntu0.12.04.2                          MySQL database client library
ii  mysql-client-5.5                             5.5.31-0ubuntu0.12.04.2                          MySQL database client binaries
ii  mysql-client-core-5.5                        5.5.31-0ubuntu0.12.04.2                          MySQL database core client binaries
ii  mysql-common                                 5.5.31-0ubuntu0.12.04.2                          MySQL database common files, e.g. /etc/mysql/my.cnf
ii  mysql-server                                 5.5.31-0ubuntu0.12.04.2                          MySQL database server (metapackage depending on the latest version)
ii  mysql-server-5.5                             5.5.31-0ubuntu0.12.04.2                          MySQL database server binaries and system database setup
ii  mysql-server-core-5.5                        5.5.31-0ubuntu0.12.04.2                          MySQL database server binaries
ii  php5-mysql                                   5.3.10-1ubuntu3.6                                MySQL module for php5

root@evgeny:/home/lora# dpkg -l | grep php
ii  libapache2-mod-php5                          5.3.10-1ubuntu3.6                                server-side, HTML-embedded scripting language (Apache 2 module)
ii  php5                                         5.3.10-1ubuntu3.6                                server-side, HTML-embedded scripting language (metapackage)
ii  php5-cli                                     5.3.10-1ubuntu3.6                                command-line interpreter for the php5 scripting language
ii  php5-common                                  5.3.10-1ubuntu3.6                                Common files for packages built from the php5 source
ii  php5-gd                                      5.3.10-1ubuntu3.6                                GD module for php5
ii  php5-mcrypt                                  5.3.5-0ubuntu1                                   MCrypt module for php5
ii  php5-mysql                                   5.3.10-1ubuntu3.6                                MySQL module for php5
ii  phpmyadmin                                   4:3.4.10.1-1                                     MySQL web administration tool

IP,site,localhost выводит главную страницу сайта.
phpinfo(); выводит то что и положенно.
Конфиги особо не правил только по кодировки да extension=mysql.so раскоментировал
По ваше ссылки -так в принцыпе и делал.

DocumentRoot "/home/www/portal" Это в /etc/apache2/httpd.conf

Это /etc/apache2/sites-available/portal  :

VirtualHost *:80>
ServerName portal
ServerAlias www.portal
DocumentRoot /home/www/portal
ServerAdmin admin@portal

<Directory /home/www/portal/>
Options FollowSymLinks
Options +Indexes
AllowOverride All
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>

</VirtualHost>

-я имею ввиду site/index.php
У меня подозрения на hosts ещё.Не понимаю как должно быть.

127.0.0.1       modx
127.0.0.1       portal
127.0.0.1   localhost

# The following lines are desirable for IPv6 capable hosts
::1     ip6-localhost ip6-loopback
fe00::0 ip6-localnet
ff00::0 ip6-mcastprefix
ff02::1 ip6-allnodes
ff02::2 ip6-allrouters

Всё на одном компе.И если бы ещё знать как здесь скрин снять.

Я имел ввиду в Ubuntu, но и за это спасибо.

если это ввести в адресной строке что будет?

скриншот в убунте printscreen на клавиатуре. сохраняете и выкладываете.

P.S.Может дело в браузере или что нибудь в этом роде?

NameVirtualHost localhost
<VirtualHost portal>
<IfModule dir_module>
  DirectoryIndex index.html index.php
</IfModule>
ServerName localhost
DocumentRoot "/home/www/portal"
</VirtualHost>

Не помогло

Пользуйтесь тегом CODE для оформления выводов из консоли.
verg

Попробуйте сделать так

sudo ln -s /etc/apache2/sites-available/portal /etc/apache2/sites-enabled/portal

В общем дело в самой смс(Instantsmc).Cейчас установил modx 1.09.всё встало.В админку вошёл.Жаль.У них(Instant)форум закрыт,будем пытаться.Спасибо за помощь.На официальном форуме даже не ответили.
Далеко не уходите