в том то и дело что используется не php5.3 а php 5.2

а если точнее то PHP Version 5.2.17-1

/etc/php52/apache2/php.ini

dfsg - это что убунтовские пакеты?

В общем или /usr/bin/php5-cgi /var/www/site/cron.php или /usr/lib/cgi-bin/php5 /var/www/site/cron.php
Только напишите помогло это или нет? По команде php у вас запускается версия 5.3 которая не настроена, надо конкретно запускать 5.2

/usr/bin/php5-cgi у меня нет такого. есть только /usr/bin/php  и /usr/bin/php5

/usr/lib/cgi-bin/php5   в каталоге cgi-bin нет php5

есть вот такие папки:
/usr/lib/php5/

/usr/lib/php52/

Значит должно быть так
/usr/bin/php52 /var/www/site/cron.php

verg, гуглил когда, все чет Ubuntu, да Ubuntu)

Я ошибся, не удалили, на месте, потерял его из виду.

Сначала
ps aux | grep php
потом из примерно такой строки
root     28922  0.0  0.0   3320   772 pts/0    S+   20:27   0:00 grep php
берем цифру 28922  и подставляем в команду
readlink -f /proc/28922/exe
вместо 28922, какие-то другие будут.

пробую , без результатно

после команды readlink -f /proc/28922/exe с моим новым pid ниче не происходит

пробую заного ps aux | grep php pid меняется
выполняю комнаду readlink -f /proc/28922/exe с новым pid
ответ сного без результатный

Давайте еще одну попытку, создайте файл в директории сайта с таким содеражанием:

<?php
var_dump($_SERVER["_"]);
?>

ну и результат сюда.

Еще заход, создайте файл с таким содержимым (например nano new_file):

#!/bin/bash
PID=`ps aux | grep php | grep -v grep | awk '{ print $2 }' | tail -n 1`
PATH=`readlink -f /proc/$PID/exe`
echo $PATH

затем chmod +x new_file
затем ./new_file
результат, должен быть путь

так был собран сервер. в принципе суть не в этом.  установленных версий php может быть сколько угодно.
одно другому не мешает.

у меня путаница на сервере. 

немогу использовать php 5.2 для крона

у знакомого 2 версии php. одно другому не мешает
установлен у него suphp

благо можно выбирать для каждого скрипта свою версию php

про suphp эт я так образно.

у меня видимо какраз работает как модуль апача. прийдётся сносить все и ставить сначало. если нет других вариантов.