rizado, Хочу чтобы можно было вставить флешку в компьютер и сразу использовать систему.

Вот основной принцип Puppy:
Создаём точку монтирования

sudo mkdir /mnt/my_program

Монтируем архив squashfs

sudo mount -o loop /mnt/sda3/my_program.sfs /mnt/my_program

Монтируем каталог в корень

sudo mount -o remount,append:/mnt/my_program/ / 

Программа подключена, можно пользоваться.
Точно так-же монтируется и корень системы при загрузке.
В чём выгода таких "маневров"? Саму систему и программы нельзя повредить, загружаются из архивов и всегда "белые и пушистые". Программы не устанавливаются, а просто монтируются, данные сохраняются в зависимости от настроек, на примонтированный раздел, в каталог, в файл с внутренней файловой системой или остаются в оперативной памяти до дальнейших распоряжений. Использование архивов позволяет загружаться с fat и ntfs. Puppy можно устанавливать на раздел с уже имеющейся операционной системой. Я "подселял" Puppy на раздел C:\ к Windows и на раздел sda1 к Altlinux без всякого вреда для основной ОС. Puppy можно загрузить почти с любого носителя. PuppyRus последних версий - по сети.
И вы думаете имея такие преимущества в Puppy я буду пользоваться "толстым и плоским" большим линуксом?

puppy linux

В menu.lst в строке kernel должно быть указано pmedia=usbflash
Пример из menu.lst с моей флешки

title Pupm 13.07
  find --set-root --ignore-floppies --ignore-cd /1307/initrd.gz
  kernel /1307/vmlinuz pmedia=usbflash psubdir=1307 pfix=fsck
  initrd /1307/initrd.gz

где psubdir это каталог в котором находятся файлы Puppy. Удобно при установке нескольких "щенков" на один раздел или совместно с другой ОС.
pfix=fsck - проверка ФС при загрузке системы. Необязательный параметр.

Ничего не думаю. Устанавливал "для посмотреть", не понравился. PuppyRus для меня привычнее.

Флешки не любят частую перезапись. У меня кэш браузера убил флешку за два месяца. В Puppy поэтому есть специальный режим для флешки, когда все изменения сохраняются в оперативной памяти и записываются на флешку раз в полчаса и при выключении системы.

   а menu.lst на флешке нет