С чего это вы решили что что-то надо ломать?
Это просто аудит нужного каталога на чтение-запись и пр. файловые функции. Делается все очень просто (через incron). А уж какие вы команды повесите на обработку файлов в данном каталоге, то ваше представление о возможностях GNU/Linux просто преобразятся...

Задача 1: Запретить использовать неразрешенные внешние носители в системе.
Просто и эфектно, хотя и на коленках сделано.
Например, повесить контроль на папку /media и контроллировать появление каталога. после появления каталога проверить с каким устройством он связан. Если устройство не из списка дозволенных (udev в помощь), то далее два варианта:
1. отрубаем его и стучим кому надо - попытка подключить внешнее устройство.
2. Мягкий вариант. Например, мы разрешаем читать с внешнего накопителя, а писать - нет. Добавляем новое правило(папку-то мы уже знаем) в инкрон для контроля на запись в данный каталог. При попытке записи в этот каталог - удаляем файл(вопрос тонкий, но решаемый) и стучим куда надо...

Задача 2.Синхронить каталог как только файл закрыт на запись!
Бэкапить через какой-то период - либо будут старые данные либо будут большие нагрузки на систему и поврежденные файлы! От чего нарузки? Из-за того что льется все часто, ну rsync может облегчить сие, но все равно скрипт регулярно будет запускаться, процессы проверять изменения файлов.
Поврежденные файлы? Когда вы делаете бэкап через scp вы подразумеваете, что файлы целы. А если в этот момент как раз нужный файл перезаписывается, то он будет неполон в лучшем случае...
А через incron можно настроить так, что как только файл будет закрыт на запись, то сразу его слить... И слив будет происходить только тогда когда файл закрыт(т.е. данные целы) и только когда он был изменен(не надо каждые 5 минут запускать скрипт бэкапа). Недостаток - всяческие файлы постоянно открытые на запись(БД к примеру) нельзя так бэкапить. Надо службу останавливать, а потом бэкапить...
Лучшее решение - lsyncd (rsync+incron). Уже все сделано - только пользуйся...