Проблема решена. После прибавления громкости колонок на полную мощность заметил, что системные звуки от Скайпа всё-таки слышны, но очень-очень тихо, а голос диктора из тестового вызова не слышен совсем.

Понял, что надо искать в Пульсе, как сменить настройки звука индивидуально для Скайпа (громкость и устройство вывода).

Оказалось, что общие настройки регулятора громкости PulseAudio никак не влияют на индивидуальные настройки онного для данной программы (в моём случае Скайпа). В общих настройках PulseAudio параметры громкости и тип устройства вывода были выставлены правильно.

Для выставления правильных настроек PulseAudio для Скайпа запустил тестовый вызов в Скайпе. В регуляторе громкости PulseAudio на вкладке "Проигрывание" появился индикатор вывода звука Skype, после чего выставил в нём правильное устройство вывода и нормальную громкость.

Мягко говоря, сие не очень интуитивно, а новичку может вынести мозг. Как это можно правильно сделать через конфигурационные файлы не нашёл. Почему по умолчанию установилась тишина и другое устройство вывода звука не знаю. А хотелось бы знать, чтобы не наступать на эти грабли в следующий раз.

Ну что за фантазии-то?  У меня вот звук есть и всегда был в Skype. И тут вопрос скорее к самому скайпу, а не к пульсаудио, который позволяет выставлять разные уровни для разных приложений.