в конфиге апача прописать виртуальный путь где будут лежать скрипты, что то вроде этого
/etc/apache2/sites-available/your_site
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin webmaster@your_site
ServerName your_site
DocumentRoot /var/www/your_site
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride All
</Directory>
<Directory /var/www/your_site>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
ScriptAlias /cgi/ /var/www/your_site/cgi/
<Directory "/var/www/your_site/cgi">
AllowOverride none
Options ExecCGI
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
# Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
# alert, emerg.
LogLevel warn
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
</VirtualHost>
в дебиане по крайней мере так
отключить дефолтный
gu@moshell:~$ sudo a2dissite default
включить your_site
gu@moshell:~$ sudo a2ensite your_site
включить поддержку какого нибудь module (php perl etc.)
sudo a2enmod module
ну и канешна активировать новые настройки, можно и без рестарта апача
sudo apachectl graceful
"Фирма Майкрософт не собирается поддерживать протокол TCP/IP в своих OS" 1993 (c) Билл Гейтс
"Мы изобрели новый протокол передачи данных, мы назвали его TCP/IP" 1995 (c) Билл Гейтс