Именно мамка, не БП, уверены?

Наводки, ясное дело.
Дроссели наверняка не тех номиналов, каких надо бы. Плюс платы сейчас делают универсальные, вот и остаются свободные места под нераспаянные компоненты, экономия тут ни при чем. Вы внесли изменения в схему, не понимая, что и зачем ставите, вот и результат.

Wehrmacht_Rover, до манипуляций не работало?

Писк в колонках бывает двух типов.
1. РАДИО-ПИСК назовем его так - Если все исправно:  в дешевых колонках на большой громкости можно услышать как работает процессор и частотные цепи.
К примеру даже при движении мышью слышно что плата работает. Когда останавливается работа и процессор бездействует то писк пропадает.
2. Писк идет по цепям самой платы когда что-то не так в расположении в цепи элеменов или их исправность/номинал сомнительны.
(Это я так понимаю Ваш вариант судя по тому что писк слышен и в наушниках.)

yars, ну обычно так и есть
Поэтому свист в этих цепях возникает у одних плат от недогруженности у других от перегруженности.
К примеру использование нестандартных кулеров иногда приводит к писку. Бывали случаи. Останавливаешь писк пропадает. Помогает смазка/замена  в зависимости от характеристик самого кулера.

Добавив "недостающие" элементы изменилась форма токов. Соответственно как обыватель могу описать так.
Представьте себе волны на море. именно так ток обычно распространяется. Ток как и волны на море изменяется в разное время по разным причинам.
Как работает конденсатор...грубо сказать это стена которая стоит на определенном уровне и срезает волну.
В результате чего происходит её выпрямление.
на заводе рассчитали нужную амплитуду и частоту колебаний.
Таким образом нагрузка распределяется с рассчетной величиной.
Добавив лишние фильтры, откуда взят Вами номинал я так и не понял, Вы нарушили равновесие.

И ещё есть ли подобная опция "Intel C-State" у Вас в Биос попробуйте её отключить?

Это ещё вопрос как и зачем включён.

Wehrmacht_Rover, где ж вы такой попорченную плату нашли? Надо было обратно в магазин сдать.

ИМХО у такого осциллографа чувствительность маловата.

И действительно, CENSORED получилась, нельзя этой поделкой ничего мерять - вставляю СОМ щуп в минус БП - уже помехи показывает, вставляю красный в плюс БП - ничего не меняется. 

Да во времена 754 и 478 сокетов платы мерли как мухи от USB флешек и т.д.
А дохли обычно мосты...
Так вот однажды в очередной раз наслюнявив палец решил попробовать на температуру мост материнской платы и на моих глазах, в том месте к которому через 1,5 секунды должен был коснуться мой палец мост начал гореть. Температура там была видимо ого-го, от дырочки со спичесную головку дыра превратилась в однокопеечную монету...
Пронесло... А так бы и в пальце дырка была )))

Я с этим и не спорил. Только пульсации не "выпрямляются", а "сглаживаются/фильтруются"

С чего им пишать? Пищат высокочастотные трансформаторы в импульсных блоках питания, а вовсе не транзисторы. Низкочастотные сетевые выдают гул частотой 100 Гц, а в импульсниках частоты преобразования десятки и сотни килогерц.

yars
100ГЦ - это нифига не писк. Это- гул А транзисторы - да, могут. Если работаем не в "режиме", два p-n перехода, корпус резонирует... Да сталкивался...
PS А трансы тоже могут. А в блоке транс и стабилизатор, не?

Без радиатора что-ли? Ещё с ЦП сними радиатор, может другие эффекты будут