В общем нельзя в Перл-ТК использовать свой шрифт, не установив его в систему.

Вижу два пути:
1. Инсталить шрифт штатно, если его нет при установке пакета. Подходит Verdana. Можно дописать в описание пакета его наличие. Но мне кажется что это решение годится только для следующей версии пакета. Это ж не просто патч, а добавление нового пакета в систему...
2. Прописать поиск шрифта из списка доступных, подходящих по написанию. Добавил код подбора из трех вариантов:

rodovid.bak - это новая версия
патч:

--- rodovid     2014-05-29 10:25:36.586597058 +0300
+++ rodovid.bak 2014-11-26 10:16:47.779414209 +0200
@@ -180,13 +180,11 @@
  }
 ###
  $lang=$ENV{'LANG'};
- $fontsys='system';
 }
 if ($OS eq 'MSWin32')
 {
  $user='user'; #??? Default Win user
  $home=$ENV{'HOMEDRIVE'}.'/rodovid';
- $fontsys='Arial Unicode';
  $lang='';# English by default
  if ($encoding eq 'uk') {$lang='uk_UA.UTF-8'};
  if ($encoding eq 'be') {$lang='be_BY.UTF-8'};
@@ -793,8 +791,8 @@
 our @base;
 our @win32fonts=('Courier New','Courier'); # fonts by priority
 our @linuxfonts=('DejaVu Sans Mono', 'Liberation Mono', 'Andale Mono', 'FreeMono', 'Nimbus Mono L');
-if ($OS eq 'linux') {@base=@linuxfonts;$mono='monospace'}
-if ($OS eq 'MSWin32') {@base=@win32fonts;$mono='Fixedsys'}
+if ($OS eq 'linux') {@base=@linuxfonts;$mono='monospace'; $fontsys='system';}
+if ($OS eq 'MSWin32') {@base=@win32fonts;$mono='Fixedsys'; $fontsys='Arial Unicode';}
 foreach my $f (@base) 
 {
  foreach my $b ($TOP->fontFamilies) 
@@ -804,6 +802,18 @@
 }
 nnn:
 undef @base;
+if ($OS eq 'linux') 
+{
+ @base=('Verdana','FreeSans','Ubuntu');
+endloop: foreach my $f (@base) 
+ {
+  foreach my $b ($TOP->fontFamilies) 
+  {
+   if ($b eq $f) {$fontsys=$f;last endloop}
+  }
+ }
+}
+print "$fontsys $mono";
 undef @win32fonts;
 undef @linuxfonts;
 our $font = $TOP->fontCreate('font',-family => "$fontsys",-size => $fsize, -weight=>'normal');

Попробую поставить Магею 5 в виртуалку и там посмотреть что оно и как. Этот глюк в каком ДЕ наблюдался? В том что по умолчанию?

Чуть позднее проверю этот гениальный патч.
Мой вариант desktop файла годится? Там по сути только белорусского пока нет, перевод у переводчика запрошен, ожидание.
Чтобы наложить сразу оба патча и одновременно мне протестировать.

Гениальный патч не помог, предыдущий не смотрел.

Значит так:
Много интересного у вас Магее творится, причин не знаю, но думаю может полезно будет:
0. Если программа Перл-ТК не указывает шрифт, то используется какой-то диковинный шрифт, у которого кирилица, заменяется шрифтом крупнее каким-то... Скорее всего шрифт не юникод, а срабатывает какая-то подстановка, чтоб вывести юникод.
1. Очень много шрифтов в системе (думал раз-два и обчелся), но все какие-то диковинные, а стандартных - нет. По крайней мере некоторые из Перл недостпны(например dejavu*, freemono, freesans установлены, но из перла их не видно). ((( Пришлось выбирать из того что есть. Моно шрифтов всего 2...((((
2. Во всех дистрах, что тестил (ранее такого не наблюдал), все шрифты Перл видит как "Helvetica", например. А у вас же как "helvetica", по сему он его не находит и использует дефолтный корявый. Возможно проблема 0 следует из этой проблемы. Перл не находит, то что знает и получается что ничего нет...
3. В КДЕ-версии нет сглаживания шрифтов из коробки...((( По крайней мере в виртуалбоксе.

Благодаря сей проблеме поправил все по шрифтам и теперь будет надежнее в хитросделаных дистрибутивах...)))

Выглядит теперь вот так:
http://78.27.165.18/jpg/rodovid.jpg
Патч вот:
http://78.27.165.18/jpg/rodovid.patch

Теперь прийдется потестить на других новых релизах дистров...(((

Пока даже не знаю с какой стороны подойти. Точнее сторон столько, что не знаю за какую хвататься...)))
Скорее всего это проблема Перл-Тк. У меня Магея в виртуалке без аппаратной виртуализации, все в три раза медленнее работает, я чертыхаясь ели это смог разобраться. Если где-то увижу инфу, что может быть проблемой - то проверю, так как оно чисто спортивно интересно...)))

Патч рабочий, но дефолтный шрифт 8 слишком маленький, поставил 12. Надо патчить. Где?
Насчет автохинтинга - у нас пакет autohint-onoff. Запустить гуи и поставить галочку.

Харитон, почему тогда стоит 9, а в конфиге в $HOME пишется 8?

В конфиг пользоватлеь сам из программы прописует тот размер какой ему больше нравится. и этим перебивет дефолтное значение, которое используется если конфига нет.
Конфиг сохраняется каждый раз когда изменяются какие-то настройки конфигурации.
Если у вас в конфиге он есть, значит вы его в ранних версиях создали (явно или не явно) и туда записали. Туда записалось то значение, которое тогда было по умолчанию.
Измените этот параметр вручную и будет вам счастье на все отсавшееся время существования вашего HOME...

В принципе считаю насильное изменение дефолтного размера нецелесообразным, так как его можно один раз поменять  и будет все ок. А мониторы у всех разные, соответственнокому-то сие будет мелким, как вам, котму-то 12 будет крупным...
Есть смена размера шрифта и каждый при нужде подправит его себе...

Я в следующей версии сделаю 10 по дефолту, чтоб ни вашим ни нашим...))) Чую, что назрело вставить подбор шрифта для интерфейса из существующих в системе.)))

Окно справки превосходит размеры главного окна так, что даже заголовка не видно.

Mageia 5, больше пакеты никто и не собирал http://pkgs.org/search/rodovid .
При первом старте надо окно справки делать меньше размера главного окна.

Заголовок окна не берётся из переводов. На данный момент для английской локали заголовок украинский.

не пользуюсь, не проверял

тогда пишите на английском

Тут итак понятно, что для английской локали не должно быть кириллицы.