Методом тыка решил всё таки.
Было

/*********
 * Panel *
 *********/

#panel {
    background-color: rgba(30, 39, 43, 1.0);
    font-weight: normal;
    color: #9FB0B9;
    height: 2em;
}

Меняем height на 1.86em; как по умолчанию

/*********
 * Panel *
 *********/

#panel {
    background-color: rgba(30, 39, 43, 1.0);
    font-weight: normal;
    color: #9FB0B9;
    height: 1.86em;
}

Результат

sun, я в курсе что панель у меня уменьшилась на 2px, но это решило данную проблему, иконка то отображается нормально.

sun, дело в том что данное расширение сделано под стандартную тему, а у Paper другая высота панели, поэтому иконки отображаются некоректно, так что кто использует данное расширение, как вариант это вернуть высоту, как по у молчанию. Выше 1.94em уже беда. Так что проблема в расширении.
PS. Крутил вертел данное расширение на предмет размера, но ничего не меняется.
Вот нашел чел. с этим же симптомом https://github.com/mjnaderi/TopTray/issues/1

есть еще один способ, чтобы не трогать gnome-shell.css, ставим из гита https://github.com/mjnaderi/TopTray TopTray ( меняет размер на лету ), это форк TopIcons, но иконка в данной теме Paper будет аж в 32px . A c моим вариантом, иконка как надо, маленькая, и глаза не мазолит.

1000Mhz, вот здесь я полностью согласен, но пока как то так.