Зависимости -- это всегда пакеты, для пакетного менеджера неважно, что содержит пакет. Рекомендованные программы обычно содержат некий дополнительный функционал к устанавливаемой программе.
По поводу методов удаления -- официальная документация расскажет лучше. Разница между remove и purge в том, что в первом случае конфигурационные файлы пакета не удаляются. Разницы между вызовом apt и apt-get нет, первое сегодня заменяет второе.
P.S. Добро пожаловать на форум.

Ну, если вы ставите, скажем, файловый менеджер, это может быть какой-нибудь плагин, который позволяет открывать какой-нибудь файл. Это только пример, вариантов много.

byte777, Да, yars  же сказал:

byte777, первая команда удалит неиспользуемые пакеты. То есть, те, которые были установлены как зависимости, но теперь не нужны (например, обновились версии и изменились зависимости или же просто удалили установленные ранее пакеты).
Для второй надо укать имя пакета (пакетов).