Это смотря как писать. Если скопировать на флешку образ iso, то вообще никаких разделов не будет, а только одна файловая система iso9660 с загрузчиком для dvd

А потом придумали isohybrid ;-), который записывал в начало образа (а там места просто завались) таблицу разделов в стиле MBR, в которой создавалась запись раздела для данных этого образа с меткой ФС iso9660.

Да способов достаточно полно.
Syslinux может ставится и на NTFS, правда если я не ошибаюсь в данном случае используется команда extlinux, из пакета syslinux.
Если памяти полно, то можно загружать образ сразу в память используя memdisk из пакета syslinux:

LABEL Wiindows
KERNEL memdisk
INITRD /Win/WINDOWS.ISO
APPEND iso raw

LABEL freedos
kernel memdisk
append initrd=/bootdisk/freedos.img floppy

ФС поддерживаемые Syslinux тыц.

Rizado, не знаю. У меня тупо копирует файл ISO на флэшку.

Еще как сделаешь!
Более того, теперь, когда флешки экономить не надо, все остальные способы отмирают. Ну, разве что у вас совсем древняя железка, которая не умеет грузиться с флешки в режиме dvd-rom или хотя бы не определяет формат загрузчика автоматически.
То есть после dd компьютер видит флешку как dvd-rom. Там все по-другому, но загружаться он с этого умеет.

s.xbatob,  умеет. Даже можно вместо HDD использовать.
Для создания загрузочной флэшки приходится использовать утилиты вроде UnetBootIn. Тогда как dd создаёт просто зеркальную копию исходного файла.
*** Добавлено: 13.08.2018 19:15:58 ***

Да. DD позволяет такое провернуть с простыми образами вроде Gentoo. А вы попробуйте сделать
загрузочную Fedora WS или Ubuntu Linux последних релизов.

А вот с этого места можно поподробней? 
Сам сейчас пользуюсь zalman vm-350

Понял-принял, спасибо 

Я вообще-то специалист по Fedora. Так вот, это сейчас единственный способ сделать её загрузочную. Другие способы не работают! Про другие способы загрузки Ubuntu не знаю, говорят, работают до сих пор, но загрузка с копии образа iso точно работает. Проверял.
И это зависит совсем не от дистрибутива, а от firmware компа, который без вопросов эмулирует загрузку с флешки либо как с диска, либо как с  DVD, либо даже (это по слухам, я не проверял) как с флоппи-диска.

s.xbatob, Ubuntu как раз нормально загружается и работает при создании загрузочной флешки через dd. Со Slackware когда-то были проблемы, давно не пробовал уже...

Slackware начала выпускать гибридные образы довольно поздно, если правильно путаю, начиная с версии 14.1 -- дата выхода 2013-11-04. Предыдущие можно было сделать гибридными самостоятельно:

В принципе, все верно, но зачем копировать остальные разделы? Не проще будет их создать, а скопировать только данные? Я у себя использую bios-gpt, а не efi-gpt. Не вижу большого смысла заморачиваться с efivars и прочим.

Rizado,
если новый диск большего размера, то у копирования разделами может быть минус: для файловых систем ext* и прочих, резервирующих inode при создании ФС (форматировании), увеличение размера ФС (resizefs) не увеличивает количество inode, их "плотность" снижается. Критично для разделов с большим количеством мелких файлов.

Да, собственно, расписывать-то нечего
Весь диск в gpt, с protective mbr (если не путаю, давно делал), используется штатный для Slackware lilo. Разделов три, на одном корень, на другом /usr, на третьем -- данные.
Даже если убрать «защитный MBR», то система все равно  будет работать, т.к. в обоих случаях BIOS может отдать lilo управление, ну а он без проблем загружает ядро, поскольку не привязан ни к типу файловой системы, ни к способу разметки,  ну разве что не может «дотянуться» до ядра, располагающегося за 1023-м цилиндром.
P.S. Посмотрел, таки да, защитный MBR присутствует и загрузчик живет там.