а второй в формате FAT32(Linux)
Это чушь.
Похоже, у Вас настроена быстрая загрузка Windows. Вместо выключения Windows происходит гибернация, а вместо загрузки -- восстановление сеанса. Смотрите в BIOS что касается быстрой загрузки. Видимо что-то должно быть и в настройках Windows, но с этой системой я не знаком, так что ничего подсказать не могу.



